Bulletin N°39 du 4 décembre 2025
- Etienne Lemarie
- il y a 7 heures
- 14 min de lecture
Mesdames et Messieurs les Présidents et Doyens,
Chers Collègues, chers Amis,
Le colloque "Littérature scientifique francophone en santé et science ouverte" a été très suivi. Les orateurs des conférences, les animateurs des ateliers nous ont permis de réaliser un tour complet de ce qu'il faut savoir sur la science ouverte et les nouvelles modalités de publication. Les présentations seront bientôt sur youtube, site grisof. Les axes de travail issus du colloque, seront publiés prochainement.
Quel message rapporter?
"Lire, chercher, écrire, être lu" sont les mots-clés. Lire et être lu correspondent aux recommandations de l'UNESCO : accéder à la littérature, rendre accessible nos publications, développer des structures permettant d'ouvrir la science, assurer une science responsable au service des populations. Les grands organismes européens ont sauté le pas. Les pays anglophones du sud ont une longueur d'avance sur les pays francophones du sud. Il convient de combler ce retard. Les participants du colloque en sont convaincus. Il y va de l'avenir de notre communauté scientifique, médicale et universitaire.
Très cordialement
Cheikh Cissé, Faculté de Médecine de Dakar
Ihsane Hmamouchi, Faculté de Médecine de l'Université Internationale de Rabat Etienne Lemarié, Faculté de Médecine de Tours Zouhair Souissi, Faculté de Médecine de Tunis
Yves Tremblay, Faculté de Médecine-Université Laval, Québec
Le GRISOF met à votre disposition sept modules de formation en science ouverte. A l'issue des sept modules et après vérification des connaissances, une attestation vous sera remise. L'accès à ces modules est possible après règlement des 25€ correspondant à la cotisation 2025 du GRISOF. Pour obtenir les codes d'accès, contactez lemarie@med.univ-tours.fr
Pour vous acquitter de la cotisation de 25€: via Paypal en utilisant contactgrisof@gmail.com ou par virement bancaire dont voici le RIB (relevé d'identité bancaire). En vous acquittant de ces 25€, votre soutien permettra au GRISOF de s’acquitter de sa cotisation à l’AUF, ce qui lui permettra de répondre aux appels d’offre le concernant.
Conférences d’actualités du GRISOF
Merci à nos orateurs d'octobre 2025
Jeudi 9 octobre Zouhair Souissi. Faculté de Médecine de Tunis
Titre : Intelligence artificielle et expertise clinique : une révolution pour les pneumopathies interstitielles
Lien youtube: https://youtu.be/q4_YT7bONdI?si=XYFKjGts02L15vXy
PROCHAINES CONFERENCES
Horaire d’hiver 14h heure GMT 09h à Montréal, 14h à Dakar, 15h à Paris.
Jeudi 11 décembre Florence Parent Praticien hospitalier, Service de pneumologie et soins intensifs, hôpital Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre ; université Paris-Sud
Titre. La maladie thrombo-embolique veineuse en 2025: recommandations, perspectives et populations particulières.
Jeudi 18 décembre. Anh Tuan Dinh-Xuan Professeur, Chef de Service. Hôpital Cochin, Université Paris Cité.
Titre. Pourquoi les prix Nobel de Physique et de Chimie en 2024 ont-ils été attribués aux chercheurs travaillant sur l’Intelligence Artificielle ? https://ulaval.zoom.us/j/61090245625?pwd=V6lEfDwiwaazEan3d1v6WDIxOxvyGC.1https://ulaval.zoom.us/j/61090245625?pwd=V6lEfDwiwaazEan3d1v6WDIxOxvyGC.1
Jeudi 8 janvier Charles Boelen International consultant in health systems and workforce. Former coordinator of WHO headquarters program of human resources for health. President of RIFRESS-International francophone network for social accountability in health : www.rifress.org.Consultant international en systèmes et professionnels de santé. Ancien coordonnateur du programme OMS (Genève)des ressources humaines pour la santé. Président du RIFRESS - Réseau International Francophone pour la Responsabilité Sociale en Santé : www.rifress.org.
Titre : Rénovons nos systèmes de santé ! La responsabilité sociale : une culture et une stratégie.
Jeudi 15 janvier Matthieu Barlet Responsable de projet - Département Prospection, veille et montage de grands projets AUF, Direction des projets, Bruxelles, Belgique
Titre : Comment monter un projet multicentrique et multipays?
En 2025, le GRISOF a eu l’occasion de travailler sur un projet européen, dénommé Genesis, à la demande de l’AUF pour la partie francophone, Projet destiné à diagnostiquer des maladies dans les zones rurales du Sénégal et du Cameroun ; de prévoir les épidémies et de contribuer à la planification préventive.
Mathieu Barlet était le chef de projet et nous avons tous pu bénéficier de son savoir-faire. A son contact nous avons beaucoup profité de son expertise. C’est pourquoi nous lui avons demandé d'intervenir.
Jeudi 29 janvier Corinne Augé Professeur en génétique moléculaire et biotechnologie, iBRAIN, Inserm U1253 - Eq2 (Neurogénétique), Université de Tours
Titre : l’épigénétique dans la tête.
L’épigénétique, une toute jeune discipline scientifique, a pour objectif d’expliquer comment, quand et avec quelle intensité chaque cellule contrôle le fonctionnement de chacun de ses gènes, en lien avec son environnement. En effet, toutes les cellules qui constituent un individu possèdent la même collection de gènes, pourtant, chacune d’entre elles a une fonction différente parce que chaque cellule n’utilise qu’une petite fraction de ses gènes. L’épigénétique recèle donc l’espoir fou de comprendre non seulement le vivant, mais aussi les interactions entre les êtres vivants et avec le monde qui les entoure. Tous les domaines de la biologie sont concernés, de l’évolution des espèces à la santé humaine, en passant par le fonctionnement du cerveau ou le développement embryonnaire. Et notamment une question: L’intelligence peut-elle être expliquée par la génétique et l’épigénétique ?
Vous souhaitez traiter un sujet? Bonne idée... Contactez nous!
Webinaires FéFOG-GRISOF
Prochain webinaire, mi-janvier 2026. Thème: cancer du sein, diagnostic et prise en charge
Rendez-vous LORIER
Jeudi 11 décembre. Marlène Wiart expliquera comment améliorer la méthodologie des essais pré-cliniques en prenant comme exemple la recherche translationnelle menée sur les accidents vasculaires cérébraux.
Si vous êtes abonné à la lettre mensuelle d’actualités du programme LORIER, vous serez systématiquement informé des Rendez-vous LORIER à venir.
Canal Détox : le vaccin contre la Covid-19 provoque-t-il des caillots sanguins ?Une étude récente a observé des microcaillots amyloïdes chez des personnes souffrant de Covid long. Sur les réseaux sociaux, certains les ont attribués aux vaccins contre la Covid-19, mais cette interprétation ne repose sur aucun fondement scientifique. |
En 2018, un groupe de financeurs scientifiques, dont beaucoup sont basés en Europe, a bouleversé le monde scientifique et éditorial international avec une nouvelle règle : à partir de 2021, leurs bénéficiaires devaient publier immédiatement et gratuitement leurs résultats de recherche. Cette mesure baptisée Plan S, a contribué à faire passer à plus de 50 % la part des articles scientifiques nouvellement publiés en libre accès.
Aujourd'hui, la Coalition S regroupe 28 organisations à l'origine de cette initiative, et dévoile une nouvelle stratégie quinquennale visant à consolider le Plan S.
Le nouveau plan, la Stratégie 2026-2030 de la Coalition S, adopte une approche privilégiant les alternatives aux revues payantes sans pour autant viser explicitement à les remplacer.
Les données de la Coalition S suggèrent que les scientifiques sont ouverts à de tels changements, mais leur adoption est loin d'être acquise. Une enquête menée auprès de plus de 11 000 chercheurs à travers le monde, commandée par la coalition au sujet d'une version préliminaire de sa nouvelle stratégie et publiée l'an dernier, a révélé que plus de la moitié étaient favorables à la prépublication. Cependant, une proportion plus importante, plus de 70 %, privilégiait la réputation (indice h-index) et le facteur d'impact (Fi ou IF en anglais) d'une revue.
Ce sont des indices de performance qui présentent des avantages, qui ont aussi leurs limites et qui sont basés sur les citations, mais avec des approches différentes. L’indice h-index, qui pourrait être relié à la réputation scientifique, mesure à la fois le nombre de publications du chercheur et le nombre de citations de ces publications. Par exemple si un chercheur a 8 articles cités 8 fois ou plus et que son 9ième article est cité 5 fois ou moins, son indice h est de 8. Le facteur d’impact est un indice bibliométrique pour reflète le nombre de citations des journaux scientifiques. En fait, l’IF c’est le rapport entre le nombre de citations et le nombre d’articles publiées dans cette revue au cours des 2 années précédentes. Par exemple, pour 2025, seront pris en compte les articles publiés dans la revue en 2023 et 2024.
L’intégrité de la recherche ne s’arrête pas à la publication
Ces dernières années, les chercheurs sont soumis à une pression accrue pour communiquer leurs travaux au public. La concision et les contraintes de temps inhérentes aux médias traditionnels et aux réseaux sociaux rendent plus difficile la présentation d'une image claire, complète et transparente de la recherche que dans les publications scientifiques.
Dans cet article, LERU soutient qu'il est nécessaire d'accorder une plus grande importance aux compétences dont les chercheurs ont besoin pour communiquer leurs résultats de recherche de manière claire et correcte. Nous expliquons comment les universités et les chercheurs devraient porter une attention particulière aux points suivants :
Transparence dans la communication de la recherche : les chercheurs devraient être encouragés à communiquer les informations clés, notamment les conflits d’intérêts, le contexte et les personnes ayant contribué aux travaux.
Communiquer l'incertitude : les universités devraient être encouragées à explorer comment elles peuvent soutenir et former les chercheurs à présenter correctement toute incertitude dans leurs travaux.
Réseaux sociaux et plateformes de communication similaires : les institutions devraient guider leurs chercheurs sur la meilleure façon de communiquer en ligne et sur la façon d’éviter les pièges qui pourraient nuire à leurs activités de communication.
Nous expliquons également comment les professionnels de l'intégrité de la recherche devraient intégrer le soutien aux compétences clés en matière de communication dans leurs efforts plus larges visant à promouvoir les meilleures pratiques en matière d'intégrité de la recherche.
FORMATIONS PEDAGOGIQUES organisées par le GRISOF
Les 13 formations proposées par le GRISOF pour renforcer et promouvoir la recherche scientifique
Avec l’IA, une nouvelle ère pour l’enseignement ? Comment évaluer les élèves dans un monde où les intelligences artificielles (IA) peuvent résumer des textes, rédiger des dissertations, générer des images ou résoudre des problèmes complexes en quelques secondes ? L’irruption de ces nouveaux outils bouleverse un système de formation encore très magistral, et invite les enseignants à repenser leurs pédagogies. Car la question n’est pas tant de savoir s’il faut autoriser ou interdire leur usage ; dans un monde pétri de technologies, l’enjeu est désormais d’apprendre à les utiliser avec pertinence pour en faire des « amplificateurs d’intelligence » et non des substituts à l’humain.
La pneumonie communautaire représente un défi majeur de santé publique à l'échelle mondiale, touchant de manière disproportionnée les populations vulnérables, notamment les personnes âgées, les personnes immunodéprimées, celles atteintes de maladies chroniques et les jeunes enfants. Autrefois considérée comme une maladie aiguë, la pneumonie communautaire est aujourd'hui reconnue comme une affection aux complications à long terme, incluant des événements cardiovasculaires, une insuffisance respiratoire et un déclin cognitif. Les progrès réalisés, tels que les tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) et la plus grande disponibilité de l'échographie pulmonaire au chevet du patient, permettent une détection rapide des agents pathogènes et un traitement personnalisé. Toutefois, des incertitudes importantes persistent quant au rôle des TAAN, de l'échographie pulmonaire et des biomarqueurs sériques en pratique clinique. Si les antibiotiques constituent le traitement de première intention de la pneumonie communautaire, le rôle des thérapies adjuvantes, notamment les corticostéroïdes et les immunomodulateurs, reste encore mal défini.
Le prochain examen médical de l'humanité : se préparer à évaluer les systèmes surhumains
Les progrès rapides de l'IA dans le domaine de la santé exigent une transformation fondamentale de notre façon d'évaluer ces systèmes. Palepu et al. (2025) démontrent que l'IA peut surpasser les internes en médecine dans les questions relatives à la prise en charge du cancer du sein, illustrant ainsi l'imminence d'avancées difficiles à prévoir il y a encore quelques années. Cependant, les méthodes actuelles, souvent basées sur des exercices de questions-réponses, ne permettent pas de saisir les nuances de la pratique clinique, même si les modèles commencent à surpasser les performances humaines sur ces critères précis. L'évolution de l'IA vers des systèmes plus généralisés et autonomes offre des opportunités considérables, mais comporte également des risques importants, ce qui rend les limites de nos cadres de supervision actuels particulièrement urgentes. Dans cet éditorial, nous proposons « Le prochain examen médical de l'humanité », une approche novatrice conçue pour mesurer et promouvoir le développement d'une IA sûre et alignée sur l'humain. Ce paradigme repose sur trois piliers fondamentaux : l'interrogation interactive pour mettre les modèles au défi au-delà des connaissances acquises par cœur, l'apprentissage expérientiel dans des environnements de test pour évaluer la prise de décision en situation d'incertitude, et l'apprentissage continu en situation réelle pour surveiller et améliorer les performances après déploiement.
L'excès de réseaux sociaux « dégrade » le cerveau des chatbots IA.
Les grands modèles de langage alimentés par des données de faible qualité sautent des étapes dans leur processus de raisonnement.
Les chatbots d'intelligence artificielle (IA) sont moins performants pour récupérer des informations précises et raisonner lorsqu'ils sont entraînés sur de grandes quantités de contenu de faible qualité, en particulier si le contenu est populaire sur les médias sociaux 1 , selon une prépublication publiée sur arXiv le 15 octobre.
En science des données, des données de bonne qualité doivent répondre à certains critères, comme être grammaticalement correctes et compréhensibles, explique Zhangyang Wang, co-auteur de l'étude et chercheur en intelligence artificielle générative à l'Université du Texas à Austin. Mais ces critères ne permettent pas de saisir les différences de qualité du contenu, précise-t-il.
Le site de prépublication arXiv ((arXiv.org) interdit les comptes rendus d'articles en informatique : voici pourquoi
Le dépôt arXiv n'accepte plus les articles de synthèse ou les prises de position en informatique qui n'ont pas déjà fait l'objet d'une évaluation par les pairs.
Le plus ancien et le plus réputé des dépôts de prépublications, arXiv, a annoncé qu'il n'accepterait plus d'articles de synthèse ni de prises de position en informatique. Le site fera exception uniquement pour les articles préalablement acceptés par une instance à comité de lecture, telle qu'une revue ou un acte de conférence.
Ces types d'articles n'ont jamais figuré officiellement sur la liste des « types de contenu acceptés » d'arXiv, mais leur publication était auparavant autorisée à la discrétion des modérateurs, comme l'indiquait un article de blog publié le 31 octobre. La direction d'arXiv explique que cette mesure a été rendue nécessaire par une augmentation du nombre d'articles de faible qualité, dont beaucoup semblent avoir été rédigés à l'aide d'outils d'intelligence artificielle générative.
« Je pense que c'est une décision judicieuse de la part d'arXiv », déclare Richard Sever, directeur scientifique et stratégique de l'organisation à but non lucratif openRxiv, basée à New York et qui gère les serveurs de prépublication en sciences biomédicales bioRxiv et medRxiv. Il ajoute que ces deux plateformes ont appliqué une politique de « non-publication d'évaluations narratives » dès leur création.
Les prépublications soumises à arXiv sont vérifiées par des outils automatisés. Avant leur mise en ligne sur le site, environ 20 % des soumissions sont signalées à l'un des 240 modérateurs bénévoles, explique Ramin Zabih, directeur exécutif d'arXiv et informaticien à l'université Cornell d'Ithaca, dans l'État de New York.
Comment COVAX s'est mobilisé pour protéger le monde du COVID-19
Des doses équitables : le récit d’un initié sur la pandémie et la lutte mondiale pour l’équité vaccinale, Seth Berkley , Presses universitaires de Californie (2025)
Seth Berkley, spécialiste des maladies infectieuses, estime que la perspective de futures pandémies nous oblige à ne pas oublier l' impact considérable du vaccin contre la COVID-19 . Dans son ouvrage « Fair Doses », récit captivant de la course mondiale à la vaccination, il s'efforce de raviver l'intérêt du public pour les questions de santé publique.
En 2020, Berkley était directeur général de Gavi, l'Alliance du Vaccin, OMS. Au début de la pandémie de COVID-19, Gavi, en collaboration avec la Coalition pour les innovations en matière de préparation aux épidémies (CEPI) et d'autres organisations, a cofondé COVAX , une initiative mondiale visant à garantir l'accès, l'achat et la distribution de milliards de doses de vaccins sûrs et efficaces contre la COVID-19 aux populations des pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI). Son objectif est de décrire les enjeux financiers, juridiques, pratiques, éthiques et politiques complexes et imbriqués liés à l'approvisionnement et à la distribution équitable des vaccins dans plus de 140 territoires.
L’objectif de COVAX était extrêmement ambitieux. COVAX a été, à bien des égards, une réussite. Fin 2021, plus d'un milliard de doses de vaccin contre la COVID-19 avaient été distribuées, et deux milliards fin 2023. Plus de la moitié (57 %) de la population des 92 pays les plus pauvres du monde a finalement reçu la ou les deux doses nécessaires (selon le type de vaccin) pour une protection initiale, contre une moyenne mondiale de 67 %. On estime que les doses fournies par COVAX ont permis d'éviter 2,7 millions de décès dans les pays à faible revenu fin 2022.
L'un des principaux défis auxquels ont été confrontés les responsables de COVAX, a été de définir les modalités d'une distribution équitable. Certains pays ne disposaient pas des infrastructures nécessaires pour recevoir un grand nombre de doses. Par ailleurs, il est progressivement apparu que de nombreux pays africains semblaient moins susceptibles, à l'échelle de leur population, de développer des formes graves de la COVID-19. Ce phénomène reste encore mal compris, mais il suggère que les besoins et la demande en vaccins pourraient être inférieurs aux prévisions initiales.
Google DeepMind a remporté le prix Nobel d'intelligence artificielle : peut-il réaliser la prochaine grande percée ?
En 2016, DeepMind, la société qu'il a cofondée, a stupéfié le monde lorsqu'un modèle d'intelligence artificielle qu'elle a créé a battu le meilleur joueur humain du jeu de stratégie Go . Hassabis a alors placé la barre encore plus haut : en 2019, il a confié à ses collègues que son objectif était de remporter des prix Nobel grâce aux outils d'IA de l'entreprise. Il n'a fallu que cinq ans à Hassabis et à John Jumper de DeepMind pour y parvenir, remportant une part du prix Nobel de chimie 2024 pour la création d'AlphaFold , l'IA qui a révolutionné la prédiction des structures protéiques.
Quel est l'avenir de l'intelligence ? La réponse pourrait se trouver dans l'histoire de son évolution.
L'avènement de l'intelligence artificielle pourrait bien n'être que la dernière étape d'un processus biologique fondamental qui a produit, au fil de l'histoire de la vie, des organismes toujours plus complexes et interdépendants.
LIVRES RECENTS
Livre commenté Hervé Maisonneuve dans son bulletin de novembre 2025
Excellent livre sur l’intégrité scientifique, avec pour sous-titre ‘Sociologie des bonnes pratiques’
Nous avons déjà analysé des livres sur l’intégrité scientifique, que ce soit celui d’Oliver Leclerc, très documenté sur les textes légaux, ou un guide comme celui sur la recherche responsable.
Ce nouveau livre de 420 pages trouve très bien sa place, car il nous apporte l’aspect sociologique. Les auteurs, Michel Dubois et Catherine Guaspare, sont expérimentés et connaissent très bien le sujet. Peu d’équipes ont fait autant de recherches sur l’intégrité. Le livre est très documenté avec des exemples contemporains, et un sous-titre : Sociologie des bonnes pratiques. La table des matières est accessible sur le site du GEMASS (Groupe d’Etude des Méthodes de l’Analyse Sociologique de la Sorbonne).
Une approche sociologique de qualité
Je reprends une partie de la C4 du livre : En s’appuyant sur une enquête sociologique inédite, cet ouvrage apporte des clés de compréhension de ce que recouvre aujourd’hui l’intégrité scientifique et les enjeux qu’elle soulève : comment les bonnes pratiques sont adoptées, transmises, transformées… ou se heurtent aux réalités du travail scientifique. Dans un contexte où la production scientifique est soumise à des pressions multiples, où les théories pseudo-scientifiques circulent sur les réseaux sociaux, l’intégrité scientifique apparaît plus que jamais comme l’un des piliers de la confiance dans la science.
Toute l’histoire de l’intégrité mondiale (avec l’OSI puis l’ORI) et française est décrite sans oublis. Il y a toutes les bonnes références. Ce livre est pratique, et devait être la bible de tous les référents intégrité scientifique, et des chercheurs en général. Pensez à l’offrir pour Noël.
Des cas bien mis en valeur et de bonnes données d’enquêtes
Il y a plusieurs histoires de fraudes qui sont décortiquées. Je les connais bien et j’ai été heureux de voir qu’il n’y avait ni erreurs, ni fausses interprétations. La lecture du cas Voinnet permet de bien comprendre tous les enjeux entre institutions de pays différents. Le cas Michael LaCour est passionnant et bien décrit. Il y a beaucoup de cas qui ont fait l’histoire de l’intégrité en France et que peu de nos collègues connaissent, comme l’affaire Bernard Bihain.
La mise en valeur du PPPR est importante
Les auteurs connaissent bien le fonctionnement des réseaux sociaux, des alertes diverses et le rôle original de PubPeer. Ils ont beaucoup travaillé sur le Post-Publication Peer Review, une activité indispensable, notamment pour découvrir diverses manipulations dans les articles. Tout y est : signatures d’articles, rétractations, les détectives (sleuths) et le collège invisible. Une culture positive de bonnes pratiques est présente, plutôt que de toujours stigmatiser sur les fraudes… qui sont rares. Par contre, pages 150 à 152, il y a la traduction de toutes les pratiques discutables en recherche décrites par Lex Bouter : il y en a 60 et cette liste n’est pas exhaustive.
Jean-Michel Besnier
N'être plus qu'un objet
Traiter l’humain comme un objet a souvent suscité réprobation et indignation. À juste titre, philosophes et humanistes y ont vu la marque de l’asservissement, de l’aliénation, de la réduction de l’individu à un numéro… Or les développements technologiques de ces dernières décennies dévoilent un phénomène surprenant. L’attirance pour les objets dits intelligents est devenue universelle et quasi vitale. Mais nous n’attendons pas seulement des chatbots qu’ils nous « parlent », des IA qu’elles « raisonnent » ou des algorithmes qu’ils « prennent des décisions ». Nous voulons leur ressembler, et nous nous laissons traiter comme des objets dans l’espoir d’acquérir leurs qualités : être toujours hyperconnectés, réparables, améliorables, renouvelables, voire devenir immortels.
Afin d'éviter de dire n'importe quoi en matière d'écologie...
Souvent assimilée à un courant politique, l’écologie est avant tout une science à part entière, qui étudie les interactions du vivant avec son environnement. Pourtant, en France, ce terme est devenu symbole de militantisme au risque d’invisibiliser le travail précieux des écologues, alors même que leurs connaissances sont indispensables pour affronter la crise environnementale en cours.
Dans « l’Écologie est une science », publié par les éditions Belin, Sébastien Barrot, directeur de recherche à l’IRD, présente son domaine de recherche, encore trop méconnu du grand public.