Bulletin du 14 mars 2022

Dernière mise à jour : 28 juil.

Depuis mars 2020, nous avons organisé 24 visioconférences « pandémie COVID » et avons édité autant de bulletins auxquels vous avez largement participé.

Soyez grandement remerciés pour avoir partagé vos connaissances et manifesté votre solidarité quand le péril sanitaire était à nos portes et, pour certains, dans un dénouement qui faisait craindre le pire. A ce jour, selon le centre des données à John Hopkins, le COVID a causé 6 millions de morts dans le monde, trois fois plus selon l’OMS. Mais grâce à la vaccination, aux mesures barrières, aux mutations du virus, la pandémie décroit.

Nous avons décidé d’arrêter nos visioconférences et notre bulletin « pandémie COVID ».

Nous terminerons notre série de visioconférences COVID avec celle du Pr Julien Poitras, doyen de la faculté de Médecine de l’Université Laval à Québec, le jeudi 14 avril « S’adapter en situation de pandémie : réflexion stratégique d’une faculté » et avec celle du Dr Jean-François Lemoine, médecin-journaliste bien connu en France « Pandémie COVID Faits et conclusions », le jeudi 28 avril. Comme vous l’avez souhaité, nous allons poursuivre nos conférences et notre bulletin au rythme de l’actualité médicale.


Ce bulletin est le vôtre, de même que les séances de cas cliniques qui renforcent votre dossier de candidature à l’agrégation. C’est pourquoi votre participation demeure une condition essentielle au succès de votre bulletin. Si un sujet vous interpelle, si vous voulez partager un texte d’opinion, préparer un exposé sur un thème d’actualité médicale, partager des cas cliniques rencontrés dans vos services et qui pourraient être très instructifs aux résidents dans d’autres pays, ou encore vous voulez partager une information jugée pertinente pour notre communauté, nous attendons vos contributions et vos suggestions. Très cordialement,

Etienne Lemarié, Directeur général adjoint sortant de la CIDMEF, Paris-Tours Yves Tremblay, Président sortant du Comité exécutif scientifique/recherche de la CIDMEF, Université Laval, Québec Franck Soyez, Secrétaire Général aux Relations internationales de la SPLF, EFP, Paris-Antony Zouhaier Souissi, Vice-président de la STMRA, EFP, Tunis Visioconférences « Pandémie COVID-19 »

  • Merci au Pr Emmanuel Hirsch pour sa conférence très suivie du 24 février : « Questions éthiques liées au COVID »

  • Merci au Dr Gérard Durand pour sa magnifique séance de cas cliniques et d'imagerie thoracique du jeudi 10 mars.

Vous voulez revoir une des 24 visioconférences « Pandémie » ?

Les 112 conférences "actualités" sont accessibles sur le site SPLF/EFP Les 12 conférences FeFOG sont accessibles sur le site de l’AUF

Les chiffres de la pandémie : Sur le site du Johns Hopkins.

Mise à jour journalière et prévisions. Institute of Global Health, Faculty of Medicine, University of Geneva and the Swiss Data Science Center, ETH Zürich-EPFL

Covid-19 : une surmortalité 3 fois supérieure aux chiffres actuels. Fréquence Médicale

par le Dr Jean-Paul Marre

La surmortalité en lien avec la pandémie de la Covid-19, qui comprend les décès directement liés à l’infection et les décès induits, dépasserait les 18 millions de personnes au 31 décembre 2021. C’est beaucoup plus que ce que donne habituellement une simple « grippette ».

La mortalité varie selon différents facteurs, et sa mesure est affectée par des biais bien identifiés et qui ont été exacerbés pendant la pandémie de la Covid-19. Une nouvelle analyse, utilisant plusieurs systèmes de modélisation sophistiqués, a estimé la surmortalité due à la pandémie de la Covid-19 dans 191 pays et territoires, et 252 régions infranationales de certains pays, du 1er janvier 2020 au 31 décembre 2021.

Selon cet article publié dans The Lancet, l'impact total de la pandémie a été beaucoup plus important que ce qu'indiquent les statistiques officielles sur les décès dus à la seule Covid-19 : la surmortalité directe et indirecte atteindrait les 18,2 millions de décès de personnes dans le Monde, alors que l’OMS ne recensait à la même date « que » 5,94 millions de décès (intervalle d'incertitude à 95% : 17,1-19,6). Le taux mondial de surmortalité tous âges confondus lié à la pandémie de la Covid-19 est de 120,3 décès (113,1-129,3) pour 100 000 habitants, et le taux de surmortalité dépasse 300 décès pour 100 000 habitants dans 21 pays. Le nombre de décès en excès dus à la pandémie de la Covid-19 est le plus élevé dans les régions d'Asie du Sud, d'Afrique du Nord et du Moyen-Orient, et d'Europe orientale. Au niveau national, les nombres les plus élevés de décès en excès dus à la Covid-19 sont estimés en Inde (4,07 millions), aux États-Unis (1,13 millions), en Russie (1,07 millions), au Mexique (798 000), au Brésil (792 000), en Indonésie (736 000) et au Pakistan (664 000). Parmi ces pays, le taux de surmortalité est le plus élevé en Russie (374,6 décès pour 100 000) et au Mexique (325,1 pour 100 000), et est proche au Brésil (186,9 pour 100 000) et aux États-Unis (179,3 pour 100 000). La France, avec 97,4 pour 100 000, s’en sort mieux que ses voisins directs (130,1 en Grande-Bretagne, 125,5 en Belgique, 120,6 en Italie et 114,1 en Espagne), sauf l’Allemagne (66,4), la Suisse (72,0) et le Luxembourg (76,0). Selon cette étude, les estimations de la surmortalité due à la Covid-19 suggèrent que l'impact sur la mortalité de la pandémie de la Covid-19 a été 3 fois plus dévastateur que ce qui est documenté dans les statistiques officielles. En effet, les statistiques officielles sur les décès déclarés liés à la Covid-19 ne donnent qu'une image partielle de la charge réelle de la mortalité. L'écart entre la surmortalité estimée et les décès par COVID-19 déclarés est beaucoup plus important en Asie du Sud et en Afrique subsaharienne que dans les autres régions, mais les différences observées entre états aux USA est parfois surprenante.

D’autres coronavirus de chauve-souris pour infecter les humains ?

Dr Remi Samain pour l’hebdo du JIM

Plus de deux ans après l’émergence du SARS-CoV-2 et le début de la pandémie, l’origine du virus reste inconnue. Plusieurs hypothèses peuvent expliquer son apparition chez l’Homme, principalement une transmission depuis un réservoir animal. Différentes espèces ont été étudiées, et notamment de nombreuses chauves-souris du genre Rhinolophus. Plusieurs virus proches du SARS-CoV-2 ont été identifiés en Asie ces dernières années. Le virus RaTG13 isolé chez la chauve-souris Rhinolophus affinis en Chine en 2013 reste le plus proche du SARS-CoV-2, avec lequel il partage plus de 96 % de son génome.

Les travaux d’une équipe de l’Institut Pasteur, publiés dans la revue Nature, identifient un nouveau chaînon essentiel pour déterminer l’origine du SARS-CoV-2. Ils décrivent plusieurs coronavirus de chauves-souris du Nord du Laos dont la séquence du domaine de liaison au récepteur est extrêmement proche de celle du SARS-CoV-2. Ces virus se lient avec une forte affinité à l’ACE2 humaine, et sont capables d’infecter et de se répliquer dans des cellules humaines plus efficacement que la souche d’origine de SARS-CoV-2 identifiée à Wuhan. Ces nouveaux virus, du genre Sarbecovirus, sont les ancêtres les plus proches génétiquement du SARS-CoV-2 décrits à ce jour. Les résultats soutiennent l’hypothèse d’une recombinaison de séquences préexistantes chez les chauves-souris du genre Rhinolophus d'Asie du Sud-Est et du Sud de la Chine comme à l’origine du SARS-CoV-2.

Ils montrent également qu’une sélection naturelle chez l’Homme ou un hôte intermédiaire comme le pangolin n'a pas été nécessaire pour favoriser l’interaction du virus avec l’ACE2 humaine. Les personnes en contact avec les chauves-souris Rhinolophus, les populations locales et les touristes visitant les grottes, sont particulièrement à risque d’être exposées. Si les Sarbecovirus décrits pourraient avoir contribué à l’apparition du SARS-CoV-2, le lien épidémiologique entre eux et les premiers cas humains de contamination recensés reste à démontrer. S. Temmam et coll. : Bat coronaviruses related to SARS-CoV-2 and infectious for human cells. Nature, 2022. doi: 10.1038/s41586-022-04532-4

Durée d'efficacité des vaccins contre l'infection par le SRAS-CoV-2 et la maladie COVID-19 : revue systématique et méta-régression Sur 13 744 études examinées, 310 ont fait l'objet d'un examen du texte intégral et 18 études ont été incluses. On été incluses 78 évaluations d'efficacité de vaccins (Pfizer-BioNTech-Comirnaty, n = 38 ; Moderna-mRNA-1273, n = 23 ; Janssen-Ad26.COV2.S, n = 9 ; et AstraZeneca-Vaxzevria, n =8). En moyenne, l'efficacité du vaccin a diminué de 1 mois à 6 mois après la vaccination complète de 21% (IC à 95 % 13·9–29·8) chez les personnes de tous âges et 20.7% chez les personnes âgées de plus de 50 ans.

Pour les symptomatiques, l'efficacité du vaccin a diminué de 24·9 % chez les personnes de tous âges et de 32·0 % chez les personnes âgées de plus de 50 ans. Pour les cas graves de COVID-19, l'efficacité du vaccin a diminué de 10,0% chez les personnes de tous âges et de 9,5 % chez les personnes âgées. 81 % des estimations de l'efficacité contre les maladies graves sont restées supérieures à 70 % au fil du temps. Au total, l'efficacité du vaccin COVID-19 contre la maladie grave est restée élevée, bien qu'elle ait quelque peu diminué 6 mois après la vaccination complète. L'évaluation de l'efficacité du vaccin au-delà de 6 mois sera cruciale pour définir la politique vaccinale.

Où le variant omicron défie l’efficacité vaccinale contre les formes bénignes Dr Roseline Péluchon Journal International de Médecine Un grand nombre de mutations ont été identifiées sur le variant omicron, y compris dans le domaine de la liaison aux récepteurs de la protéine Spike. Elles ont été associées à une augmentation importante de la transmissibilité du virus et ont fait craindre un échappement immunitaire après l’infection naturelle ou la vaccination. Pour comparer l’efficacité de la vaccination contre une infection symptomatique par les variant omicron et delta, une étude cas-contrôles a été réalisée. Au total 886 000 personnes infectées par le variant omicron et 204 000 infectées par le variant delta ont été comparées à plus de 1,5 millions de personnes testées négatives. Les données confirment que l’efficacité vaccinale est supérieure contre une forme symptomatique due au variant delta, en comparaison avec le variant omicron, quel que soit le délai depuis la vaccination et le nombre de vaccins reçus. Après 2 doses, quel que soit le type de vaccin, l’efficacité vaccinale contre omicron diminue rapidement, pour devenir très faible au-delà de 20 semaines. Le rappel (3e dose) entraîne une augmentation significative de la protection contre une forme modérée de Covid-19, mais l’on constate là aussi une baisse de la protection contre une forme symptomatique, dès 10 semaines après le rappel. La protection contre les formes sévères de Covid-19 n’a pu être déterminée du fait d’un faible nombre de cas justifiant une hospitalisation au moment du recueil des données. Des études antérieures montraient toutefois le maintien de la protection contre les formes graves, après 2 doses de vaccin. Ces constatations concordent avec les données de laboratoire qui indiquaient une réduction de l’activité neutralisante, d’un facteur de 20 à 40, dans les sérums obtenus chez des personnes vaccinées par 2 doses du vaccin BNT162b2 (Pfizer BioNTech) en comparaison avec le virus de début de pandémie, et de 10 comparativement à la neutralisation du variant delta. Andrews N et coll.: Covid-19 Vaccine Effectiveness against the Omicron (B.1.1.529) Variant. N Engl J Med. 2022 . doi: 10.1056/NEJMoa2119451

Points relatifs aux décisions du Sommet UA-UE de Bruxelles pour ce qui concerne l’accès aux médicaments et aux vaccins contre la Covid-19. Note rédigée par Pr Michel Pletschette, Université de Munich.




Covid long : 4 facteurs favorisants identifiés. Revue du praticien Le Covid long, défini par la présence de symptômes du Covid plus de 4 semaines après l’apparition de la maladie, toucherait 20 % des malades.

Une publication parue fin janvier dans Cell a identifié quatre facteurs prédictifs. Multiple Early Factors Anticipate Post-Acute COVID-19 Sequelae

Etude longitudinale d’une cohorte de 209 patients atteints de Covid long et de 457 sujets sains. Analyse à 3 mois du pic de la maladie : recherche d’auto-anticorps, caractérisation du profil ARN de cellules mononucléées du sang périphérique, détection d’ARN viral circulant dans le sang et des protéines du plasma sanguin. Résultat. Quatre facteurs de risque : diabète de type 2, quantité importante d’ARN de SARS-CoV-2, présence du virus d’Epstein-Barr et certains auto-anticorps – par exemple, les auto-anticorps anti-IFN-α2 sont corrélés avec un Covid long à symptômes respiratoires. Ces facteurs de risque s’ajoutent à d’autres précédemment établis : Covid sévère, sexe féminin, l’obésité, tabagisme actif, grand âge, signature particulière d’immunoglobulines basée sur les niveaux d’IgM et d’IgG3.

Soutien aux Ukrainiens En France, l’Académie nationale de médecine, la Conférence des Doyens des facultés de médecine et les syndicats des médecins libéraux, font part de leur solidarité envers les Ukrainiens et leurs soignants.

L’Académie nationale de médecine “déplore les conditions critiques dans lesquelles nos confrères sont contraints de prodiguer leurs soins aux blessés, aux sans-abris et aux personnes déplacées”, tient à assurer les médecins ukrainiens d’un “soutien inconditionnel”, tout en saluant “leur courage”. Elle fait savoir qu’elle “mettra en œuvre tous les moyens lui permettant d’assister les médecins et les soignants ukrainiens dans leurs missions”.

La Conférence des Doyens des facultés de médecine adresse ses “meilleures pensées aux professionnels de santé qui sont aux côtés des populations meurtries et blessées”. “Nous nous tenons à la disposition des équipes soignantes locales et des autorités pour soutenir les initiatives coordonnées d’assistance sanitaire”.

La Conférence des Doyens de médecine “exprime son soutien à l’égard des étudiantes, des étudiants, des collègues enseignants et chercheurs et des personnels de facultés de médecine et de santé du pays”. Elle souligne qu’elle est à l’écoute des étudiants en mobilité internationale en Ukraine et en Russie : “Celles et ceux placés dans cette situation ont été identifiés par leurs administrations universitaires et consulaires.


Attitude des revues scientifiques. L'agression de Poutine aura un effet sur la santé et le bien-être des personnes dans les pays imposant des sanctions, ainsi que sur les Ukrainiens et les Russes. Une question pour les revues scientifiques est de savoir si elles se joindront à ces sanctions, pour boycotter les chercheurs, universitaires et institutions russes (doi:10.1136/bmj.o608). Une revue a décidé de ne plus accepter les articles des institutions scientifiques russes ( https://retractionwatch.com/2022/03/04/journal-editor-explains-ban-on-manuscripts-from-russian-institutions).

La menace russe se rapproche de la Roumanie et surtout de la Moldavie.

Roumanie et Moldavie ont toujours manifesté leur attachement à notre communauté médicale universitaire francophone. Les réfugiés ukrainiens affluent en Moldavie et en Roumanie. Saluons nos amis moldaves et roumains qui se mettent au service des populations ukrainiennes déplacées. La Moldavie est directement menacée par l’avancée de l’armée russe.

Pour détendre l’atmosphère lourde du moment, nous vous recommandons le livre Jac Barrier De DEUX en UN.

Viralafrica. Editions Sydney Laurent

Vous connaissez tous Jacques Barrier qui a tant contribué à la CIDMEF. Professeur de médecine interne à Nantes, après trente années de missions universitaires en Afrique, Jacques coordonne le groupe de réflexion « COVID » dont nous avons fait paraître les comptes rendus dans ce bulletin. Avec un souci de pertinence scientifique et anthropologique, Jacques Barrier décrit dans ce roman le lien fusionnel entre deux jumeaux français, nés à Libreville, et la gémellité hors normes en Afrique.

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